২০০৯ সালের ২৫ ও ২৬ ফেব্রুয়ারি সীমান্তরক্ষী বাহিনী বিডিআরের (বর্তমানে বর্ডার গার্ড বাংলাদেশ—বিজিবি) সদর দপ্তরে ঘটে যাওয়া বর্বর হত্যাকাণ্ডের ১১ মাস ব্যাপী তদন্ত শেষে জাতীয় স্বাধীন তদন্ত কমিশন প্রতিবেদন সরকারের কাছে জমা দিয়েছে। কমিশনের প্রধান ছিলেন মেজর জেনারেল (অব.) আ ল ম ফজলুর রহমান, এবং প্রধান উপদেষ্টা ছিলেন অধ্যাপক ড. মুহাম্মদ ইউনূস। ওই হত্যাকাণ্ডে ৫৭ সেনা কর্মকর্তাসহ ৭৪ জন নিহত হন।

কমিশনের ৩৬০ পৃষ্ঠার প্রতিবেদনে বলা হয়েছে, হত্যাকাণ্ডের পেছনে রাজনৈতিক ও বিদেশি সমন্বয়িত পরিকল্পনা ছিল। প্রতিবেদনে উল্লেখ, ক্ষমতাচ্যুত প্রধানমন্ত্রী শেখ হাসিনার ভাতিজা ব্যারিস্টার শেখ ফজলে নূর তাপসের নাম সবচেয়ে বেশি এসেছে। কমিশন তদন্তে তার সংশ্লিষ্টতার পুরো চিত্র তুলে ধরেছে।

প্রতিবেদনে বলা হয়েছে, পিলখানা হত্যার পরিকল্পনা ভারতের পক্ষের সঙ্গে বৈঠকের পর চূড়ান্ত করা হয় এবং সমন্বয়ের জন্য তাপসের অফিস ও বাসায় একাধিক বৈঠক অনুষ্ঠিত হয়। তাপসের অফিসে অনুষ্ঠিত বৈঠকে ভারতীয় কমান্ডো ও বিভিন্ন গোয়েন্দা সংস্থার ২৪ জন সরাসরি হত্যাকাণ্ডে যুক্ত ছিলেন।

তদন্তে আরও উঠে এসেছে, তৎকালীন স্বরাষ্ট্র প্রতিমন্ত্রী সোহেল তাজ ও প্রভাবশালী পরিবার সদস্য শেখ সেলিমও এই পরিকল্পনার সঙ্গে জড়িত ছিলেন। কমিশন জানিয়েছে, পরিকল্পিতভাবে দেশপ্রেমিক সেনা অফিসারদের বিডিআরে পদায়ন ও বিদ্রোহ সৃষ্টি করা হয়, যা হত্যাকাণ্ড বাস্তবায়নে ব্যবহার করা হয়।

প্রতিবেদন অনুযায়ী, বিডিআরের পদুয়া ও রৌমারীর যুদ্ধ ভারতের বিএসএফের লজ্জাজনক পরাজয়ের প্রেক্ষাপটে ঘঠানো হত্যাকাণ্ডের প্রেক্ষিত তৈরি করেছিল। সাধারণ বিডিআর সদস্যদের ডাল-ভাত কর্মসূচি নিয়ে ক্ষোভ উস্কে দিয়ে বিদ্রোহকে হত্যার মূল মাধ্যম হিসেবে ব্যবহার করা হয়। এছাড়া বিপুল অর্থ বিতরণ এবং বারবার বৈঠকের মাধ্যমে পরিকল্পনাটি বাস্তবায়িত হয়।

কমিশন স্পষ্ট করেছে, পিলখানা হত্যাকাণ্ড শুধু সামরিক বিদ্রোহ নয়, রাজনৈতিক ও বিদেশি সমর্থিত একটি পরিকল্পিত হত্যাযজ্ঞ।